Nveil annonce son intégration avec PhysiCell, le simulateur open source de référence en biologie computationnelle, pour offrir aux chercheurs une visualisation intuitive de simulations multicellulaires 3D.
Nveil, plateforme française de visualisation générative, annonce sa nouvelle intégration avec PhysiCell, le simulateur open source de biologie computationnelle utilisé par des centaines de laboratoires à travers le monde.
PhysiCell : simuler le vivant à l’échelle cellulaire
Développé par une communauté scientifique internationale et publié dans PLOS Computational Biology, PhysiCell est un simulateur open source basé sur la physique qui permet de modéliser le comportement de systèmes multicellulaires en 3D. Il est utilisé dans des domaines clés de la santé : recherche sur le cancer, réponse immunitaire, modélisation de la croissance tumorale, tests précliniques in silico et, plus récemment, modélisation des interactions virus-hôte (comme lors de la pandémie de COVID-19).
Le simulateur intègre des modèles de cycle cellulaire, d’apoptose, de nécrose, de mécanique cellulaire et de diffusion de signaux biochimiques, et peut simuler jusqu’à un million de cellules sur une station de travail standard.
Une intégration qui répond à un besoin concret des chercheurs
Jusqu’ici, l’exploitation visuelle des données produites par PhysiCell nécessitait des compétences en programmation (Python, MATLAB) et un investissement significatif en temps de développement. Grâce à l’intégration avec Nveil, les chercheurs peuvent désormais :
— Importer directement les résultats de simulation PhysiCell dans l’interface no-code de Nveil, sans écrire une seule ligne de code.
— Générer des visualisations interactives de dynamiques cellulaires complexes, exploitables pour la publication scientifique ou la communication auprès de parties prenantes non techniques.
— Accélérer le cycle d’analyse en passant de la simulation brute à l’insight visuel en quelques minutes au lieu de plusieurs heures.
— Partager et collaborer sur des résultats visuels avec des équipes pluridisciplinaires, facilitant le dialogue entre biologistes, cliniciens et data scientists.
« Notre mission chez Nveil est de rendre la donnée complexe accessible à tous. L’intégration avec PhysiCell est une étape clé : elle permet aux chercheurs en santé de se concentrer sur la science plutôt que sur le code. »
— Pierre Jacquet, CTO et co-fondateur de Nveil
Au-delà de PhysiCell : une plateforme pensée pour les sciences du vivant
L’intégration avec PhysiCell vient compléter un socle de visualisation déjà étendu. Nveil prend également en charge nativement le format EDF+ (European Data Format), standard de référence pour les signaux biomédicaux (EEG, polysomnographie, ECG longue durée), et propose nativement du rendu volumétrique 3D adapté à l’imagerie médicale et à la microscopie, ainsi que des visualisations de réseaux de régulation génique (GRN). Les équipes de recherche disposent ainsi d’un environnement unique pour explorer des données biologiques hétérogènes, du signal au système multicellulaire.
Un impact direct pour l’écosystème santé
Cette intégration s’inscrit dans la volonté de Nveil d’accompagner la transformation numérique du secteur de la santé. En rendant exploitables visuellement les données de simulation biomédicale, Nveil contribue à accélérer la recherche translationnelle de la modélisation préclinique jusqu’à l’aide à la décision clinique.
PhysiCell étant utilisé par des laboratoires du monde entier, dont des équipes travaillant sur l’immuno-oncologie, la médecine régénérative et la pharmacologie computationnelle, cette intégration ouvre de nouvelles perspectives de collaboration entre la communauté open source et l’industrie de la visualisation de données.
